Brunei befindet sich an der nordwestlichen Küste von Borneo. Die zwei Landesteile werden durch das zu Malaysia gehörende Limbangtal getrennt und vom malaysischen Bundesstaat Sarawak umschlossen. Der östliche Landesteil ist kaum erschlossen und nur über den Seeweg mit dem Westen von Brunei verbunden.

Im Süden von Brunei liegt das südchinesische Meer, die Küstenlänge beträgt 161 km.
Die ursprüngliche Küstenvegetation der Mangroven ist v.a. durch die Erdölförderung zum grössten Teil verschwunden.

Das Küstengebiet von Brunei ist dicht besiedelt, die meisten Siedlungen befinden sich an den Flussmündungen. Zum Hinterland schließt sich flaches Hügelland mit von Flüssen durchzogenen tropischen Regenwald an. Der westliche und nordöstliche Landesteil ist zum grossen Teil von Sümpfen bedeckt.

Die meisten Flüsse haben eine nördliche Fliessrichtung, auch der längste Fluss in Brunei, der Belait.

Der 1.850 m hohe Bukit Pagon ist die höchste Erhebung des Landes.